Lejon har två huvudsakliga forskningsområden:
Det första är relationen mellan religion och politik i det moderna USA, med särskilt fokus på civilreligion och presidenters religiösa retorik. Bland hans publikationer finns monografier om Reagan och Bush den äldre samt översikter över religionens roll i Vita huset, till exempel Från Truman till Trump.
Det andra är svensk kyrkohistoria, med tonvikt på både medeltid och modern tid.
Lejon har föreläst i tio länder, varit gästprofessor i USA under tre år och publicerat cirka 25 volymer samt ett stort antal artiklar.
